Setelah Indonesia memploklamirkan kemerdekaan pada tanggal 17-8-1945, semenjak itu Pemuda-pemuda Indonesia mulai berangsur-angsur merebut kekuasaan Pemerintahan dari tangan jepang baik di pusat pemerintahan (Jakarta / Bandung) Maupun Pemerintahan Daerah-daerah. Sesudah pemerintahan Indonesia membentuk Kabinet yang pertama, Para menteri mulai menyusun organisasi serta sifatnya. Pekerjaan Umum pada saat itu (1945) berpusat di Bandung, dengan mengambil tempat bekas gedung V.&.W.(Dikenal dengan nama “Gedung Sate”). Ketika Bandung ingin mengembalikan kekuasaan pemearintahan di Hindia Belanda sebelum perang, datang mengikuti tentara sekutu masuk ke Indonesia akibat dari keinginan pemerintahan belanda ini, terjadilah pertentangan fisik dengan pemuda Indonesia yang ingin mempertahankan tanah air berikut gedung-gedung yang telah didudukinya, antara lain “Gedung Sate” yang telah menjadi Gedung Departemen Pekerjaan Umum pada waktu itu. (Peristiwa bersejarah itu dikenal dengan peristiwa “3 Desember 1945”). Pada waktu revolusi fisik dari tahun 1945 s/d 1949, Pemerintah Pusat RI di Jakarta terpaksa mengungsi ke Purworejo untuk selanjutnya ke yogjakarta, begitu juga kementrian PU. Sesudah pemerintahan belanda tahun 1949 mengakui kemerdekaan Republik Indonesia maka pusat pemerintahan RI di Yogyakarta, di pindahkan ke Jakarta. Sejak tahun 1945 itu, Pekerjaan Umum (PU) telah sering mengalami perubahan pimpinan dan organisasi, sesuai situasi politik pada waktu itu. Sebagai gambaran garis besar organisasi PUT di uraikan sebagai berikut:

1. Sebelum tentara belanda masuk ke Yogyakarta Susunan Kemerdekaan PU perhubungan dapat dibagi 8 Jawatan dan 4 Balai
2. Khusus pada masa Republik India Serikat Kementrian Perhubungan dan PU RIS dibagi dalam beberapa departemen dan beberapa jawaatan dan bebeapa intansi yang berhubungan erat tugas dari Dep PU.RIS.
3. Kementrian Perhubungan PU.RIS tersebut terdiri atas penggabungan 3 Departemen prae federal Yaitu:
   • Departemen Verker, Energie dan Mynbouw (kecuali Mynbouw yang masuk dalam kementrian kemakmuran).
   • Departemen Van Waterstaat di Wederopbouw.
   • Departemen Van Scheepvaart.

Penggabungan dari 3 Departemen dari pemerintahan federal dalam satu kementrian yaitu Pementrian perhubungan Tenaga dan OU RIS dianggap perlu, supaya hubungan 3 Departemen tersebut satu dengan yang lain menjadi sangat erat, terlebih-lebih jika diingat, bahwa untuk membangun Negara akan diadakan koordinasi yang baik dan adanya tenaga ahli dan untuk melancarkan semua tugas yang dibebankan pada kementrian perhubungan Tenaga dan PU RIS. Khusus pada permulaan terbuntuknya Negara kesatuan RI, maka susunan kementrian berbeda sebagai berikut: Dalam masa prolog G 30 S /PKI terjadilah dalam sejarah Pemerintahan RI suatu cabinet yang besar disebut dengan nama Kabinet DwiKora Atau Kabinet 100 Menteri, dimana pada masa itu ikut mengalami perubahan orgasisasi menjadi 5 Dept. dibawah kompartemen PUT ketika membawahi, antara lain:

• Listrik dan Ketenagakerjaan
• Bina Marga
• Cipta Karya Konstruksi
• Pengairan Dasar
• Jalan Raya Sumatera

Setelah peristiwa G30S/PKI Pemerintah segera menyempurnakan Kabinet DwiKora dengan menunjuk Ir. Soetami sebagai menteri PUT untuk memimpin Kompartemen PUT. Kabinet yang di sempurnakan itu tidak dapat lama di pertahankan. Kabinet Ampera, sebagai kabinet pertama dalam masa orde baru. Kembali organisasi PUT dibentuk dengan Ir. Soetami, sebagai menteri. Dengan surat keputusan menteri PUT tertanggal 17 Juni 1968 No 3/PRT/1968 dan dirubah dengan peraturan menteri PUT tertanggal 1 Juni 1970 No 4/PRT/1970. Departemen PUT telah memiliki suatu susunan struktur Organsasi. Sebagai gambaran lebih jauh pembagian tugas-tugas dalam lingkungan Dep. PUT, maka pada waktu itu azas tugas-tugas PU telah di serahkan pada kewenangan daerah itu sendiri.